O deslocamento considerado para fins de concessão do Auxílio-Transporte é aquele que compreende residência-trabalho e vice-versa, excetuados aqueles realizados nos deslocamentos em intervalos para repouso ou alimentação durante a jornada de trabalho e aquelas efetuadas com transporte seletivos ou especiais. (Art. 1º da Medida Provisória nº 2.165-36, de 23 de agosto de 2001).

É vedado a incorporação do Auxílio-Transporte aos vencimentos, à remuneração, ao provento ou à pensão. (Art. 1º, § 1º da Medida Provisória nº 2.165-36, de 23 de agosto de 2001).

O Auxílio-Transporte não será considerado para fins de incidência de imposto de renda ou de contribuição para o Plano de Seguridade Social e planos de assistência à saúde. (Art. 1º, § 2º da Medida Provisória nº 2.165-36, de 23 de agosto de 2001).

O Auxílio-Transporte deixará de ser custeado pelo órgão no qual o servidor estiver lotado caso ocorra cessão para a empresa pública ou sociedade de economia mista e para Estados, Distrito Federal ou Municípios em que o ônus da remuneração seja de responsabilidade do respectivo órgão ou da entidade cessionária. (Art. 4º, da Medida Provisória nº 2.165-36, de 23 de agosto de 2001).

No caso de acumulação lícita de cargos ou empregos, é facultada opção ao servidor de perceber o auxílio pelo deslocamento trabalho – trabalho, sendo vedado o pagamento do benefício em relação ao cargo ou emprego da segunda jornada de trabalho. (Art. 3º, da Medida Provisória nº 2.165-36, de 23 de agosto de 2001).

A Instrução Normativa nº 207, de 21 de outubro de 2019, em seu artigo 6º fiz que: Aos dirigentes de gestão de pessoas dos órgãos e entidades públicas cabem observar a aplicação desta Instrução Normativa, garantindo a economicidade na concessão do auxílio-transporte, com a escolha do meio de transporte menos oneroso para a Administração, sob pena de responsabilização administrativa, civil e criminal.

Não faz jus à percepção do Auxílio-Transporte o servidor que se enquadra nas seguintes situações:

a) afastamento para realizar curso dentro do país, mas fora da cidade sede;
b) afastamento para o exterior;
c) afastamento sem remuneração;
d) férias;
e) licença-prêmio por assiduidade;
f) faltas;
g) licença maternidade;
h) licença para acompanhamento de cônjuge sem remuneração;
i) licença para tratamento da própria saúde ou de pessoa da família.

Além disso, é vedado o pagamento do Auxílio-Transporte:

I – quando utilizado veículo próprio ou qualquer outro meio de transporte que não se  enquadre na disposição contida no §1º do art. 1º desta Instrução Normativa;
II – para os deslocamentos em intervalos para repouso ou alimentação, durante a  jornada de trabalho;
III – para os deslocamentos durante a jornada de trabalho, em razão do serviço;
IV – ao servidor ou empregado público que faça jus à gratuidade prevista no §2º do  art. 230 da Constituição Federal de 1988; e
V – nos deslocamentos entre residência e local de trabalho e vice-versa, quando  utilizado serviço de transporte regular rodoviário seletivo ou especial.